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bcftools view --exclude-types ref does not filter ref postions #2567

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bcftools view --exclude-types ref does not filter ref postions#2567

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@ghuls
ghuls
opened on Jun 11, 2026

bcftools view --exclude-types ref does not seem to filter ref positions.

bcftools view --exclude-types ref test.bcf | grep -v '^#' | head -n 3
chr1    18      .       C       .       16.51   RefCall P;AN=2  GT:GQ:DP:AD:PS  ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     0/0:16:8:7:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.
chr1    19      .       C       .       22.28   RefCall P;F;AN=16       GT:GQ:DP:AD:PS  ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:16:2:1:.   ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:17:5:4:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   0/0:22:10:7:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:17:3:2:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:13:15:10:.  ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:14:6:4:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:15:3:2:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:16:2:1:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.
chr1    20      .       T       .       18.47   RefCall F;P;AN=4        GT:GQ:DP:AD:PS  ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:18:2:1:.  ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:14:7:5:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.

Another thing I noticed:

$ bcftools view --exclude-types random test.bcf
[E::random] unknown type
Accepted types are snps, indels, mnps, other

$ bcftools view --types random /staging/leuven/stg_00090/ASA/analysis/20250428_patient_demultiplexing/WGS_chm13_BCFs_with_ref_calls_merged/WGS_chm13_BCFs.norm.remove_overlaps.bcf
[E::random] unknown type
Accepted types are snps, indels, mnps, other

The manual lists another list of types (at least for --exlude-types):

--types snps indels mnps other
--exclude-types snps indels mnps ref bnd other

bcftools/doc/bcftools.1

Lines 5860 to 5874 in e250385

\fB\-v, \-\-types\fP \fIsnps\fP|\fIindels\fP|\fImnps\fP|\fIother\fP
.RS 4
comma\-separated list of variant types to select. Site is selected if
any of the ALT alleles is of the type requested. Types are determined
by comparing the REF and ALT alleles in the VCF record not INFO tags
like INFO/INDEL or INFO/VT. Use \fB\-\-include\fP to select based on INFO
tags.
.RE
.sp
\fB\-V, \-\-exclude\-types\fP \fIsnps\fP|\fIindels\fP|\fImnps\fP|\fIref\fP|\fIbnd\fP|\fIother\fP
.RS 4
comma\-separated list of variant types to exclude. Site is excluded if
any of the ALT alleles is of the type requested. Types are determined
by comparing the REF and ALT alleles in the VCF record not INFO tags
like INFO/INDEL or INFO/VT. Use \fB\-\-exclude\fP to exclude based on INFO tags.

Activity

  1. pd3
    closed this as completedin 8d3f754on Jun 16, 2026

  2. pd3 commented on Jun 16, 2026

    @pd3
    pd3
    on Jun 16, 2026
    Member

    This filtering is now fixed, thank you for reporting the bug

  3. hiruna72
    added a commit that references this issue on Sep 13, 2026

    Fix the -v/V, --types/--exclude-types option to work with ref

    8d3f754
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